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纽约地铁上DNA的一半与未知的生物相匹配

发布时间:2019-10-10 12:34

刚刚发布了纽约市地铁上大规模新的DNA测序项目的结果。是的,地铁上有很多细菌,虽然我们知道大部分都是无害的。但是,真正重要的是我们对此并不了解。

PathoMap项目涉及在466个站点采集旋转门,长凳和键盘,共发现15,152个生命形式,其中一半是细菌。 “华尔街日报”已经从数据中创建了一个有趣的,互动的地铁微生物地图,显示了细菌与之相关的细菌。从莫扎里拉奶酪到葡萄球菌感染的一切都被发现。

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但是“与...相关联”。这是一个非常模糊的术语,它违背了科学的极限。在过去几年中,基因测序变得更加强大和便宜,使得宏基因组分析成为可能。这意味着我们可以将环境样本中的所有DNA(人类,植物,细菌,蟑螂等)中的所有DNA用于测量地狱。

但问题是我们的基因库仍然不完整。例如,如果我不知道蟑螂的DNA序列是什么样的,我怎么知道我的DNA序列属于蟑螂?这就是为什么项目中发现的一半DNA与没有已知生物相匹配的原因。

在这些新的宏基因组分析中首次发现的细菌尤其如此。什么与“相关联”,“谈到细菌,真的是什么意思?也许我们曾经在奶酪上发现过某种细菌,但也许我们从来没有对其真正的原生栖息地进行采样?

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即使是我们现在拥有的最好的技术,也是最终在广阔,看不见的世界中摸索的粗糙工具。对于不动杆菌或肠球菌是否在地铁上是否有意义可能很难知道,但研究小组也发现了大量的非微生物DNA,其中很多都没有意义。根据WSJ,人类DNA很普遍,甲虫和苍蝇DNA也是如此。那些是有道理的。 (我们实际上并不了解蟑螂,因为他们的基因组尚未进行测序。)

然而,下一个最常见的DNA类型是黄瓜。你最后一次看到有人在地铁上啃黄瓜是什么时候?更可能的是,计算机程序将所有植物材料归入黄瓜下。

根据“华尔街日报”的报道,然后有一些奇怪的东西。

例如,使用地铁DNA进行的初步数据库搜索发现了对塔斯马尼亚恶魔,喜马拉雅牦牛和地中海果实飞行的错误匹配,所有生物都不太可能在纽约找到转运系统。

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这就是为什么一些微生物DNA发现听起来令人担忧的原因,例如 没有理由只是打电话给国土安全局

当然,这些都不会影响到城市微生物学真正令人难以置信的有趣之处。这个城市是一个有机体,我们慢慢开始了解它的微生物组。研究如何通过城市环境扩散病原体或清除剂或无害微生物的细菌,可以对城市的运作方式产生新的见解。

我只是迫不及待地等待未来,当我们超越简单的微生物编目时,真正了解它们如何生活和共同运作。 [WSJ,Cell Systems]

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顶部图片:Alessandro Colle / shutterstock

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